أما عن العلاج، ففي كل الإناث اللواتي تصاحب السمنة مظاهر هذه الحالة لديهن لا بد من العمل على العودة إلى الوزن الطبيعى، وممارسة الرياضة بشكل منتظم، والاعتماد على برنامج غذائي متوازن مع ما يحتاجه الجسم من النشاط الجسدي، والتخلص من الوزن الزائد يؤدي إلى العودة إلى الوزن المثالي. إنقاص الوزن يشكل حجر الزاوية في الاحتياط من مرض السكر،

والتحكم في دهون الجسم وزيادة الخصوبة. لا يجب أن تؤدى السمنة إلى تبكيت النفس، نظرًا لأنها تنشأ عن خلل هرموني، ولكنها هذا الخلل لا يجب أن يكون سببا للتسويف عن العودة إلى الوزن المثالي. وفي حالة عدم مصاحبة زيادة الوزن لحالة المبيض متعدد الكييسات؛ فإن هذا إنذار بالقابلية الشديدة لزيادة الوزن التى ستجعل العلاج صعبًا؛ لذا فاكتساب نمط حياة صحى مطلوب في كل الأحوال.

يتم استخدام العلاج الدوائي الذي يناسب الشكل الذي تظهر عليه متلازمة المبيض متعدد الكييسات، مثلًا حين تضعف الخصوبة دون أن يزداد حب الشباب أو شعر الوجه أو يتساقط شعر فروة الرأس، فإن خط العلاج الأول يعتمد على منشطات الإباضة الفموية، يضاف إليها أدوية السكر التي تزيد من حساسية الخلايا لهرمون الإنسولين وأشهرها عقار الميتفورمين. خط العلاج الثاني يعتمد على عقاقير الإخصاب التي تنشط الإباضة، وهي عقاقير تشبه في تكوينها وعملها هرمونات الغدة النخامية، وتؤخذ عن طريق الحقن العضلي أو الحقن تحت الجلد. أما خط العلاج الثالث فهو تقنية أطفال الأنابيب.

وإذا ما تمظهرت هذه الحالة على شكل زيادة أعراض الذكورة، كزيادة شعر الوجه، والجسم، وزيادة حبوب الشباب فإن موانع الحمل ثنائية الهرمون تساعد على التقليل من تأثير هرمون الذكورة، وتضاف لها عقاقير تحتل مستقبلات هرمون الذكورة في الجلد فتمنع ارتباط هرمون الذكورة بها فيتعطل عمله، ويقل بذلك ظهور الشعر في غير أماكنه الطبيعة.

هناك حالة تترافق مع متلازمة المبيض المتعدد الأكياس، يطلق عليها حالة المقاومة الطرفية لهرمون الأنسولين، وهي حالة تسبق الظهور الجلى لمرض السكري، تصبح فيها العضلات الإرادية و الأنسجة الدهنية بحاجة إلى كمية أكثر من هرمون الأنسولين؛ لتتمكن من الاستفادة من الجلوكوز لإنتاج ما تحتاجه من الطاقة، وهنا نستفيد من العقاقير التي تزيد من حساسية الأنسجة للأنسولين مثل الميتفورمين، ليس فقط للوقاية من مرض السكري، و لكن أيضًا في تنظيم الدورة الشهرية وزيادة الخصوبة؛ ما يسهل الحمل. وكذلك تقلل احتمالات الإجهاض عند الحمل، وتحسن الاستجابة للعقاقير التي تعطى لمعالجة حبوب الشباب.

بالنسبة لحبوب الشباب، فلها علاجات عديدة، بعضها محور من فيتامين ألف، يتم تعاطيه موضعيًا أو عن طريق الفم، وأحيانًا قد يعطى الطبيب أدوية من مضادات الحيوية لفترة طويلة . وفي هذه الحالات من الضروري منع الحمل، لأنه رغم أن الدواء محور من فيتامين ألف؛ فإن له تأثيرًا ضارًا يؤدى إلى تشوهات جنينية يجب أن نتفاداها.