في بعض القضايا قد تتعرض أوراق التحقيق للضياع أو التلف، وهو ما يثير تساؤلات حول مدى تأثير ذلك على سير العدالة وسلامة الإجراءات القانونية.

ونظم قانون الإجراءات الجنائية الجديد هذه الحالات، ووضع ضوابط دقيقة تضمن استمرار العملية القضائية دون الإخلال بحقوق الأطراف أو تعطيل سير الدعوى.

ونصت المادة 540 من مشروع قانون الإجراءات الجنائية على أن 'إذا فقدت أوراق التحقيق كلها أو بعضها قبل صدور قرار فيه، يعاد التحقيق فيما فقدت أوراقه، وإذا كانت القضية مرفوعة أمام المحكمة، تتولى هي إجراء ما تراه من التحقيق'.

كما أجاز مشروع القانون  إعادة الإجراءات عند فقدان أوراق التحقيق ولكن في حال رأت المحكمة محلًا لذلك.

ونصت المادة 541 أنه إذا فقدت أوراق التحقيق كلها أو بعضها، وكان الحكم موجودًا والقضية منظورة أمام محكمة النقض، فلا تعاد الإجراءات إلا إذا رأت المحكمة محلًا لذلك.

و تتبع الإجراءات المقررة في هذا الباب، إذا فقدت النسخة الأصلية للحكم قبل تنفيذه أو فقدت أوراق التحقيق كلها أو بعضها قبل صدور قرار فيه.

وإذا وجدت صورة رسمية من الحكم، فإنها تقوم مقام النسخة الأصلية.

وإذا كانت الصورة الرسمية من الحكم تحت يد شخص أو جهة ما، تستصدر النيابة العامة أمرًا من رئيس المحكمة التي أصدرت الحكم بتسليمها. ولمن أخذت منه أن يطلب تسليمه صورة مطابقة بغير مصاريف.