تضمن قانون الري والموارد المائية عدد من العقوبات، لكل من يقوم بزراعة الأرز والمحاصيل ذات الاحتياجات المائية العالية في غير المساحات والمناطق المحددة بالقرار الوزارى بالحبس مدة لا تزيد عن ستة أشهر وبغرامة لا تقل عن ألفين جنيه، ولا تزيد على عشرة آلاف جنيه عن الفدان أو كسر الفدان أو بإحدى هاتين العقوبتين، وتضاعف العقوبة في حالة تكرار المخالفة.

وترتكز فلسفة قانون الري والموارد المائية على دعم الرؤية المستقبلية لإدارة مصادر الموارد المائية بشكل أكثر كفاءة، وبما يقنن الاستخدامات المائية ويضمن عدالة توزيعها ويحدد التقنيات الملائمة لإدارتها من خلال حظر زراعة المحاصيل الشرهة للمياه فى غير المساحات الصادر بتحديدها قرار وزارى، بعد التنسيق مع وزارة الزراعة واستصلاح الأراضى وحظر تعديل نظم الرى المطور أو تشغيل طلمبات على المساقي المطورة والاعتماد على مصادر جديدة للمياه عند التخطيط لتنفيذ مشروعات تنموية وعمرانية جديدة مثل (المياه المحلاة بالمناطق الساحلية – المياه الجوفية بالمناطق الصحراوية) مع إنشاء نظم لمعالجة مياه الصرف الصحى وإعادة استخدامها فى مجال الزراعة وحظر إقامة مزارع أو أقفاص سمكية بالمجارى المائية حفاظًا على نوعية المياه وحظر إقامة أي منشآت في مخرات السيول أو تنفيذ أعمال لحجز مياة الأمطار والسيول الجارية في الأودية الطبيعية والاستفادة من مياه الامطار والسيول لدعم الميزان المائى وحظر إقامة اى منشآت في مخرات السيول أو اعمال لحجز الامطار والسيول الجارية في الاودية الطبيعية.

كما وضع قانون الري والموارد المائية عقوبات للمخالفين، حيث نصت المادة 120 من القانون على أن يعاقب كل من يقوم بقطع أو قلع الأشجار والنخيل التى زرعت أو تزرع في الأملاك العامة ذات الصلة بالموارد المائيةبغرامة لا تقل عن ألف جنيه ولا تزيد على خمسة آلاف جنيه عن الشجرة الواحدة أو النخلة الواحدة.

وجاء ذلك تطبيقا لنص المادة 9 من قانون الري والموارد المائية والتى تنص على أنه لا يجوز التصرف فى الأشجار والنخيل التى زرعت أو تزرع في الأملاك العامة ذات الصلة بالموارد المائية والري بقطعها أو قلعها إلا بترخيص من الإدارة العامة المختصة، ولهذه الإدارة أن تضع نظاما لزراعة الأشجار والنخيل على هذه الأملاك وتحديد أسباب وطرق إزالتها وفقا للضوابط التى تبينها اللائحة التنفيذية.