حدد قانون الإجراءات الضريبية ، عدة إجراءات للتسجيل الضريبي، حيث نص القانون على أن يلتزم كل ممول أو مكلف بأن يتقدم إلي مأمورية الضرائب المختصة بطلب للتسجيل خلال ثلاثين يومًا من تاريخ بدء مزاولة النشاط أو من تاريخ الخضوع للضريبة على القيمة المضافة، بحسب الأحوال.

ويقدم هذا الطلب علي النموذج المعد لهذا الغرض يدويًا أو بأي وسيلة إلكترونية لها الحجية في الإثبات قانونًا، مُرفقًا به المستندات اللازمة والتي تحددها اللائحة التنفيذية لهذا القانون .

و، علي المأمورية مراجعة طلب التسجيل، وإذا تبين لها عدم استيفائه للبيانات المطلوبة تقوم بإخطار الممول أو المكلف علي النموذج المعد لهذا الغرض لاستيفاء البيانات خلال خمسة عشر يومًا من تاريخ الإخطار بأي من الوسائل المنصوص عليها بالفقرة الأولي من هذه المادة.

وفي حال عدم تقديم الممول أو المكلف طلب التسجيل المشار إليه، تقوم المأمورية بتسجيله بناء علي ما يتوافر لديها من بيانات أو معلومات، مع إخطاره بالتسجيل خلال خمسة أيام عمل وذلك مع عدم الإخلال بالمسئولية الجنائية .

ويلتزم غير المكلفين ممن لم تبلغ مبيعاتهم حد التسجيل المقرر قانونًا بالتسجيل علي المنظومة الإلكترونية بالمصلحة مقابل رسم سنوي يحدده وزير المالية بما لا يتجاوز خمسمائة جنيه ، ويتوقف تحصيل هذا الرسم عند بلوغ حد التسجيل .

وطبقا للقانون، تُخصص المصلحة لكل ممول أو مكلف رقم تسجيل ضريبي موحدًا لجميع أنواع الضرائب الخاضع لها، وتلتزم كل من المصلحة والممول أو المكلف والجهات والمنشآت الأخرى باستخدامه في جميع التعاملات ، ويتم إثباته علي جميع الإخطارات والسجلات والمستندات والفواتير وأي مكاتبات أخري .