نظم قانون إدارة المخلفات، آليات الرقابة على حركة السفن العابرة للمياه الإقليمية، في إطار سعي الدولة لتعزيز السلامة البحرية وحماية البيئة من أي مخاطر محتملة.

في هذا الصدد، حظرت المادة 62 من القانون استيراد المخلفات الخطرة أو السماح بدخولها أو مرورها في أراضي جمهورية مصر العربية، كما يحظر مرور السفن التي تحمل مواد أو مخلفات خطرة في البحر الإقليمي أو المنطقــة الاقتصادية الخــالصة لجمـهـــورية مصر العــربية أو السماح بمــرورها إلا بترخيص من وزارة النقل أو هيئة قناة السويس، بحسب الأحوال، وبعد موافقة الجهاز على النحو المبين بهذا القانون.

وألزم القانون السفن العابرة أو المسجلة بجمهورية مصر العربية التي تحمل مواد أو مخلفات خطرة وتمر بالبحر الإقليمي أو المنطقة الاقتصادية الخالصة لجمهورية مصر العربية أن تقدم إلى الجهة الإدارية المختصة وفقًا للضوابط التي يصدر بها قرار من وزير النقل بالاتفاق مع الوزير المختص شهادة ضمان مالي في شكل تأمين أو سند تعويض أو ضمان آخر عند دخول الناقلة في البحر الإقليمي، على أن يكون ساري المفعول ويغطي أي أضرار محتملة والتعويضات التي تقدر بمعرفة الجهة الإدارية المختصة بذلك.