حدد قانون الاستثمار  طبقا لتعديلاته الأخيرة، الرسوم المفروضة على المشروعات بالمناطق الحرة .

و طبقا لنص القانون، تكون الهيئة العامة للاستثمار هى الجهة الإدارية المختصة، دون غيرها، وفيما يلى نستعرض الضوابط المنظمة للضرائب والرسوم المفروضة للمشروعات في المناطق الحرة العامة.

و لا تخضع المشروعات داخل المناطق الحرة والأرباح التى توزعها لأحكام قوانين الضرائب والرسوم السارية فى مصر.

ومع ذلك تخضع هذه المشروعات للمعاملة الآتية:

أولاً - تخضع المشروعات فى المناطق الحرة العامة:

1 - لرسم مقداره إثنان بالمائة (2%) من قيمة السلع عند الدخول (سيف) بالنسبة لمشروعات التخزين ورسم مقداره واحد بالمائة (1%) من قيمة السلع عند الخروج (فوب) بالنسبة لمشروعات التصنيع والتجميع وتعفى من الرسم تجارة البضائع العابرة (ترانزيت) المحددة الوجهة.

2 - لرسم مقداره واحد بالمائة (1%) من إجمالي الإيرادات التي تحققها للمشروعات التى لا يقتضى نشاطها الرئيسي إدخال سلع أو إخراجها، وذلك من واقع القوائم المالية المعتمدة من أحد المحاسبين القانونين.

وطبقا للقانون يتم سداد رسوم التأسيس إلكترونيا دفعة واحدة لحساب الجهات المتصلة بتقديم خدمات التأسيس وما بعد التأسيس، التوقيع الإلكترونى على كافة النماذج، وتبدى الهيئة العامة للاستثمار رأيها فى الموافقة على اسم الشركة عند تقديم طلب التأسيس.