شدد قانون حماية الآثار عقوباته على كل من يعبث بالمواقع والمتاحف الأثرية أو يستغلها بشكل غير قانوني، في محاولة لحماية التراث المصري من التشويه والفوضى.

فوفقًا للمادة 44 مكرر من القانون، يعاقب بالحبس مدة لا تقل عن سنة وغرامة تتراوح بين 50 ألفًا و200 ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين، كل من يخالف أحكام المواد المنظمة لحماية المواقع الأثرية.

 كما يقضي القانون بمصادرة الأثر المضبوط وجميع الأدوات والمركبات المستخدمة في الجريمة لصالح المجلس الأعلى للآثار.

وتؤكد المادة 5 مكرر حق المجلس في إزالة أي مخالفات داخل المواقع الأثرية، سواء كانت مباني سكنية أو أنشطة تجارية أو صناعية، فيما تحظر مواد القانون تواجد الباعة الجائلين أو المركبات أو الدواب داخل المواقع والمتاحف إلا وفق ضوابط محددة تصدرها اللائحة التنفيذية.

وتشدد المادة 34 على مجموعة من القواعد التي تلتزم بها البعثات الأجنبية المرخص لها بالتنقيب عن الآثار في مصر، أبرزها:

ترميم وصيانة ما يتم كشفه من آثار بشكل فوري وتحت إشراف الجهات المختصة.

ربط خطة التنقيب بـ خطة موازية للترميم أو المسح والتسجيل الأثري في المنطقة.

خضوع أعمال البعثة لتقييم اللجنة الدائمة المختصة.

كما نصت المادة 35 على أن جميع الآثار المكتشفة بواسطة البعثات المصرية والأجنبية هي ملك للدولة دون استثناء.

وتنص المادة 36 على خضوع النماذج والصور الأثرية لحقوق الملكية الفكرية والعلامات التجارية، بما يضمن حماية التراث من الاستغلال التجاري غير المرخص.

 كما أجازت المادة 36 مكرر للمجلس إنشاء وحدات إنتاجية خاصة لخدمة أهدافه في حماية وصون الآثار.