خزين الثوم الطازج في الثلاجة ليس فكرة جيدة بشكل عام، لأن فصوص الثوم منخفضة الحموضة، مما يجعلها عرضة لبكتيريا تسمى كلوستريديوم بوتولينوم، والمعروفة بأنها السبب وراء التسمم الغذائي.

وفقا لمنظمة الصحة العالمية، فإن التسمم الوشيقي مرض نادر ولكنه خطير وقد يكون مميتًا ويمكن الإصابة به من 'الأطعمة المعالجة بشكل غير صحيح والتي تبقى فيها البكتيريا الحية، ثم تنمو وتنتج السموم'.

كما يتم التحذير من تعليب الثوم قد يؤدي أيضاً إلى ظهور السموم غير المرغوب فيها.

تتكاثر الباكتيريا أيضاً في البيئات منخفضة الأكسجين، وهو ما تشتهر به الأطعمة المعلبة

 أفضل طريقة لتخزين الثوم هي في أكياس شبكية مخصصة للمنتجات الزراعية في درجات حرارة تتراوح بين 15.5 و 18 درجة مئوية مع رطوبة معتدلة وتهوية جيدة.

أبسط طريقة لحفظ الثوم هي وضعه في أكياس شبكية مخصصة للخضراوات والفواكه، هذه الأكياس قابلة لإعادة الاستخدام وتوفر التهوية اللازمة للثوم ليظل بحالة جيدة.

قد تؤدي درجات الحرارة المنخفضة إلى إنبات فصوص الثوم، وقد يؤدي نقص الرطوبة إلى جفافها، كما أن ضعف دوران الهواء سيزيد من فرصة تعفن الثوم.