لا يكتفي قانون حماية الآثار بتنظيم أعمال الحفر والتنقيب، بل يضع منظومة متكاملة لضمان الحفاظ على كل ما يتم الكشف عنه باعتباره جزءًا من التراث الحضاري للدولة.

 ومن هذا المنطلق، ألزم القانون الجهات والبعثات المرخص لها، خاصة الأجنبية، بسلسلة من الضوابط تبدأ بالحصول على ترخيص يحدد نطاق ومدة العمل، ولا تنتهي إلا بترميم وصيانة المكتشفات الأثرية وتوثيقها علميًا، بما يضمن أن تكون عمليات التنقيب وسيلة لحماية التاريخ، لا مجرد البحث عن مكتشفات جديدة.

تنص المادة 33 من قانون حماية الآثار على أنه يصدر مجلس إدارة المجلس قرارا بالاشتراطات والالتزامات التي يجب مراعاتها وتنفيذها في تراخيص الحفر بحيث يتضمن الترخيص بيانا بحدود المنطقة التي يجري البحث فيها، والمدة المصرح بها، والحد الأدنى للعمل بها، والتأمينات الواجب إيداعها لصالح المجلس وشروط مباشرة الحفر، مع الاقتصار على منطقة معينة حتى إتمام العمل بها، والالتزام بالتسجيل المتتابع والمتكفل بالحراسة والصيانة وتزويد المجلس بتسجيل متكامل وتقرير علمي شامل عن الأعمال محل الترخيص.

ونصت المادة 34 على أنه يخضع الترخيص للبعثات الأجنبية بالكشف والتنقيب عن الآثار للقواعد الآتية:

(‌أ) التزام كل بعثة بترميم وصيانة ما تقوم بالكشف عنه من الآثار المعمارية والآثار المنقولة، أولا بأول وقبل أن تنتهي مواسم عملها، وذلك بإشراف الأجهزة المختصة في هيئة الآثار وبالتعاون معها.

(‌ب) اقتران خطة كل بعثة أجنبية لأعمال التنقيب الأثري في مصر بخطة مكملة لها تقوم فيها البعثة بعمل من أعمال الترميم للآثار القائمة التي سبق الكشف عنها، أو ما يناسب استعدادها من أعمال المسح أو الحصر والتسجيل الأثرية للمنطقة التي تعمل بها أو بقربها، ويتم ذلك بموافقة الهيئة أو بالمشاركة معها.

(‌جـ) يخضع الترخيص للبعثات الأجنبية بالكشف والتنقيب عن الآثار للقواعد الآتية:

(‌جـ) أن يكون تقييم أعمال الجهة المرخص لها بالتنقيب بمعرفة اللجنة الدائمة المختصة.