حدد قانون حماية الآثار ، عدة جهات مرخصة يحق لها القيام بأعمال الحفر والتنقيب عن الآثار ، وتأتي هذه الضوابط بهدف تنظيم عمليات التنقيب، و منع التعديات على الآثار، والحفاظ على الهوية التاريخية لمصر، مع التأكيد على ضرورة الالتزام بالإجراءات القانونية عند إجراء أي أعمال أثرية.

و طبقا لنص المادة 34  من القانون ، فإن الترخيص يخضع للبعثات الأجنبية بالكشف والتنقيب عن الآثار للقواعد الآتية:

- التزام كل بعثة بترميم وصيانة ما تقوم بالكشف عنه من الآثار المعمارية والآثار المنقولة، أولا بأول وقبل أن تنتهي مواسم عملها، وذلك بإشراف الأجهزة المختصة في هيئة الآثار وبالتعاون معها.

- اقتران خطة كل بعثة أجنبية لأعمال التنقيب الأثري في مصر بخطة مكملة لها تقوم فيها البعثة بعمل من أعمال الترميم للآثار القائمة التي سبق الكشف عنها، أو ما يناسب استعدادها من أعمال المسح أو الحصر والتسجيل الأثرية للمنطقة التي تعمل بها أو بقربها، ويتم ذلك بموافقة الهيئة أو بالمشاركة معها.

و  يخضع الترخيص للبعثات الأجنبية بالكشف والتنقيب عن الآثار للقواعد الآتية:

-  اقتران خطة كل بعثة أجنبية لأعمال التنقيب الأثري في مصر بخطة مكملة لها تقوم فيها البعثة بعمل من أعمال الترميم للآثار القائمة التي سبق الكشف عنها، أو ما يناسب استعدادها من أعمال المسح أو الحصر والتسجيل الأثرية للمنطقة التي تعمل بها أو بقربها، ويتم ذلك بموافقة الهيئة أو بالمشاركة معها.

- أن يكون تقييم أعمال الجهة المرخص لها بالتنقيب بمعرفة اللجنة الدائمة المختصة.

و يصدر مجلس إدارة المجلس قرارا بالاشتراطات والالتزامات التي يجب مراعاتها وتنفيذها في تراخيص الحفر بحيث يتضمن الترخيص بيانا بحدود المنطقة التي يجري البحث فيها، والمدة المصرح بها، والحد الأدنى للعمل بها.

ويتم تزويد المجلس بتسجيل متكامل وتقرير علمي شامل عن الأعمال محل الترخيص.