نظم قانون  الإجراءات الضريبية الموحد ضوابط وإجراءات التسجيل الضريبي، باعتباره الخطوة الأساسية لدخول الممولين والمكلفين في المنظومة الضريبية الرسمية، بما يضمن تنظيم النشاط الاقتصادي ومراقبة الامتثال الضريبي.

وبحسب المادة (25) من القانون، يلتزم كل ممول أو مكلف بالتقدم بطلب تسجيل لدى مأمورية الضرائب المختصة خلال 30 يومًا من بدء النشاط أو من تاريخ الخضوع لضريبة القيمة المضافة، باستخدام النموذج المخصص لذلك يدويًا أو إلكترونيًا، ومرفقًا بالمستندات المطلوبة وفق اللائحة التنفيذية.

وتقوم المأمورية بمراجعة الطلب، وفي حال عدم استيفائه، تُخطر المكلف لاستكمال البيانات خلال 15 يومًا. وإذا لم يتم التقديم، تقوم المأمورية بالتسجيل استنادًا إلى البيانات المتاحة مع إشعار المكلف خلال 5 أيام عمل، مع الاحتفاظ بالمسؤولية الجنائية.

كما يلزم القانون غير المكلفين ممن لم تبلغ مبيعاتهم حد التسجيل بالتسجيل الإلكتروني مقابل رسم سنوي لا يتجاوز 500 جنيه، يتوقف تحصيله عند بلوغ حد التسجيل.

ويشدد القانون، وفق المادة (5)، على التزام المكلفين بإخطار المصلحة ببدء النشاط، وإمساك الدفاتر والسجلات وإصدار الفواتير الضريبية، وتقديم الإقرارات الضريبية، وتمكين موظفي المصلحة من الاطلاع والفحص، وإخطارها بأي تغييرات، وتحديد المسؤول عن التعامل مع المصلحة، وحساب الضريبة بدقة وسدادها في المواعيد القانونية، وإدراج رقم التسجيل الضريبي في كافة التعاملات.

كما ألزم القانون مالكي العقارات بإخطار مأمورية الضرائب عند استغلال أي عقار أو جزء منه لمزاولة نشاط خاضع للضريبة خلال 30 يومًا من تاريخ الاستغلال، وفقًا للمادة (9).

وفيما يخص التعاملات المالية بين الأشخاص المرتبطة، نصت المادة (12) على تقديم ثلاثة ملفات أساسية:

الملف الرئيس: معلومات عن جميع أعضاء مجموعة الأشخاص المرتبطة.

الملف المحلي: يشمل تحليلات المعاملات البينية للممول المحلي.

تقرير على مستوى كل دولة: معلومات عن توزيع الدخل والضرائب والأصول والعاملين بالمجموعة في كل دولة، مع إمكانية الإعفاء من تقديم التقرير لبعض الشركات وفق ظروفها والممارسات الدولية.

كما يعفى المكلف الذي لا تتجاوز قيمة تعاملاته مع الأشخاص المرتبطة 8 ملايين جنيه من بعض الالتزامات، ويجوز للوزير تعديل هذا الحد.