تضمن قانون الجمارك، عدة آليات لتسوية المنازعات الجمركية'، حيث نصت المادة 63 من القانون على أنه يجوز لصاحب الشأن التظلم من تحديد صنف البضاعة أو منشئها أو قيمتها، وتشكل بالمصلحة لجان لنظر التظلمات يصدر بها قرار من الوزير أو من يفوضه، برئاسة أحد العاملين بالمصلحة بدرجة مدير عام علي الأقل، وعضوية اثنين من موظفي المصلحة.

وإذا قبل صاحب الشأن قرار اللجنة خلال سبعة أيام من إخطاره به حرر محضر بذلك والتزمت المصلحة بتنفيذه، وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون قواعد وإجراءات عمل هذه اللجان .

و مع مراعاة أحكام قانون التحكيم في المواد المدنية والتجارية، إذا استمر النزاع بين المصلحة وصاحب الشأن، وطلب الأخير أو من يمثله إحالة النزاع إلي التحكيم ووافق الوزير أو من يفوضه، يحال النزاع إلي هيئة تحكيم تشكل برئاسة أحد أعضاء الجهات أو الهيئات القضائية بدرجة مستشار علي الأقل أو أحد الأساتذة من كليات الحقوق المقيدين في جدول التحكيم بوزارة العدل، وعضوية محكم عن المصلحة يختاره الوزير أو من يفوضه، ومحكم يختاره صاحب الشأن.