تنظيم الإخوان الإرهابي الذي أسسه حسن البنا، كان له تأثير كبير في تشكيل العديد من الحركات الإرهابية التي تبنت تكتيكات وأساليب مشابهة له في العمل والتنظيم، فالجماعة التي تأسست 1928 تمخض عنها الكثير من الحركات والجماعات المتطرفة، أبرزها «القاعدة» و«داعش» الذيي استفادا من أيديولوجية الإخوان في سياسة التجنيد، والسرية، والطاعة العمياء.

وتشترك الجماعات المتطرفة مع الإخوان في استغلال المساجد كمراكز دعوية وتجهيزية، حيث تعتبر المساجد من أهم الأدوات لجذب الشباب واستقطابهم، كما يعتمد الإخوان والحركات الإرهابية الأخرى على مبدأ السمع والطاعة، الذي يفرض على الأعضاء الولاء التام للقيادة دون اعتراض، ما يسهل تنفيذ العمليات العنيفة أو الانتحارية دون تردد.

وتعد أساليب التمويل أحد أهم أوجه التشابه المهمة بين الإخوان والتنظيمات الإرهابية، من خلال جمع التبرعات، واستثمار الأموال في مشاريع تجارية، فضلا عن تبييض الأموال في بعض الحالات، وتعتبر هذه الجماعات «مفرخة» للحركات الإرهابية الأكثر تطرفًا، حيث مر العديد من قادة التنظيمات الجهادية بتجربة الإخوان، مثل أيمن الظواهري زعيم القاعدة.