وضع قانون التأمين الصحي الشامل، إطار حازم من العقوبات لضبط الأداء داخل المنظومة ومنع أي محاولات استغلال أو فساد.

وتشمل هذه العقوبات الحبس والغرامات المالية الكبيرة، للحفاظ على حقوق المواطنين وضمان وصول الخدمة لمستحقيها.

وينص القانون على توقيع عقوبات رادعة على عدد من المخالفات التي قد تهدد كفاءة عمل المنظومة، والتي تصل  إلى الحبس وغرامات مالية تصل إلى 200 ألف جنيه في بعض الحالات .

ونص القانون على أن يعاقب بالحبس مدة لا تقل عن سنة وبغرامة لا تقل عن خمسين ألف جنيه ولا تجاوز خمسة وسبعين ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين، كل عامل في الهيئة، أو أحد المتعاقدين معها من الأطباء أو الصيادلة أو الفريق الطبي أو غيرهم، سهل للمؤمن عليه أو لغيره ممن تتولى الهيئة تمويل تقديم الرعاية الطبية إليه، الحصول على أدوية أو خدمات أو أجهزة تعويضية بغير حق، أو لا تتطلب الأصول الطبية صرفها له وفق ما تراه اللجان المتخصصة في ذلك بناء على البروتوكولات الطبية.

كما يعاقب بالعقوبة ذاتها كل من صرفت له أدوية أو أجهزة تعويضية ثم تصرف فيها إلى غيره بمقابل، وكذلك المتصرف إليه وكل من توسط في ذلك إذا كان يعلم بأنها قد صرفت بناء على نظام التأمين الصحي الشامل.وفي جميع الأحوال تحكم المحكمة بمصادرة الأدوية أو الأجهزة التعويضية لصالح الهيئة، أو رد قيمتها في حالة تلفها أو هلاكها.

ويعاقب بالحبس مدة لا تقل عن سنة وبغرامة لا تقل عن مائة ألف جنيه ولا تجاوز مائتي ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين، كل مقدم لخدمات الرعاية الصحية أو منتفع أو عامل في الهيئة، تعمد تقديم مطالبات غير حقيقية أو مطالبات عن خدمات لم يتم تقديمها، أو سمح لغير المشتركين بالنظام بالحصول على خدمات بغير وجه حق.

ويعاقب بالحبس مدة لا تقل عن ستة أشهر وبغرامة لا تقل عن مائة ألف جنيه ولا تجاوز مائتي ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين، كل عامل بالهيئة أو مقدم للخدمة التأمينية ساعد صاحب العمل أو المشترك على التهرب من الوفاء بالتزاماته المقررة في هذا القانون.