كشفت وزارة البيئة، عن أن النسبة الكبرى من موارد تمويل المشروعات من قبل صندوق حماية البيئة، تنحصر من إيرادات الصندوق في مصدرين: تحصيل الغرامات والتعويضات عن الأضرار التي تصيب البيئة، ورسوم دخول المحميات الطبيعية، ويقدم الصندوق المنح لدعم المشروعات التي تتقدم بها الأجهزة الحكومية، والجمعيات الأهلية.

- الحصيلة المالية من المشروعات التجريبية، التي ينفذها جهاز شئون البيئة.

- المبالغ التي يحصلها جهاز شؤون البيئة، مقابل الخدمات التي يقدمها لأطراف ثالثة.

- رسوم التراخيص التي يصدرها جهاز شؤون البيئة.

- المبالغ التي تخصصها الدولة في موازنتها لدعم الصندوق.

- الغرامات المالية المحصلة، والتعويضات التي يحكم بها أو يتفق عليها، عن الأضرار التي تصيب البيئة.

- موارد صندوق المحميات الطبيعية، المنصوص عليها في القانون رقم 102 لسنة 1983.